Народився 27 січня 1839 р. на хуторі Чубинський (нині — у межах м. Бориспіль) Полтавської губернії у небагатій дворянській сім'ї.

Ще змалку Павло починає захоплювався географією, мріє про далекі подорожі. Після закінчення Другої київської гімназії вступає на юридичний факультет Петербурзького університету. Там знайомиться з географом Семеновим-Тянь-Шанським Петром Петровичем, який у свою чергу знайомить Чубинського з видатними географами Миколою Пржевальським та Миколою Миклухо-Маклаєм.

У студентські роки брав участь у діяльності петербурзької української громади. Був автором журналу «Основа», де познайомився з Тарасом Шевченком, Миколою Костомаровим. Після мітингу проти розправи над учасниками варшавської маніфестації Чубинського виключають з університету, і він деякий час живе на Чернігівщині, у селі Ропша.

1861 року захищає в Петербурзі дисертацію «Нариси народних юридичних звичаїв і понять з цивільного права Малоросії» і здобуває науковий ступінь кандидата правознавства.
У період близько 1869–1871 Чубинський обробив та підготував до друку сім томів «Трудів етнографічно-статистичної експедиції».
У період близько 1869–1871 Чубинський обробив та підготував до друку сім томів «Трудів етнографічно-статистичної експедиції».

«Труды этнографическо-статистической экспедиции в Западно-Русский Край» — Т.1-7. — СПб.,
Чубинский, П. П. «Очерк народных юридических обычаев и понятий в Малороссии» — СПб., 1869.
Чубинский, П. П. «О состоянии Хлебной торговли и производительности в Северном районе». СПб., 1870 (Архангельська, В'ятська, Костромська, Вологодська, Новгородська губернії Росії)
Відомий також як поет, автор збірки віршів «Сопілка» (1871).

Чубинський — автор тексту українського національного гімну «Ще не вмерла Україна»